Dokuz Eylül Üniversitesi Eğitim Bilimleri Enstitüsü  “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Hakkında 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamenin Değiştirilerek Kabulüne Dair 2809 Sayılı Kanun ile 78 ve 190 Sayılı Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik Yapılması Hakkında 3837 Sayılı Kanun” un 03.07.1992 tarihinde kabul edilmesi ile kurulmuştur.

Bu Kanun’un 9. Maddesiyle, 2809 Sayılı Kanun’un 18. Maddesinin h bendi değiştirilerek Rektörlüğe bağlı Enstitüler arasına “Eğitim Bilimleri Enstitüsü” de eklenmiştir. Ocak 1993’te öğrencisiz olarak faaliyetlerine başlayan Eğitim Bilimleri Enstitüsü’nün tam olarak faaliyete geçmesi 1998-1999 öğretim yılı bahar yarıyılında gerçekleşmiştir.

Dokuz Eylül Üniversitesi Rektörlüğü’nün 08.01.1999 tarihli B.30.2.DEÜ.0.70.72.01.504-055 sayılı yazıları ile Sosyal Bilimler Enstitüsü’nden 16 (9’u yüksek lisans 7’si doktora) Fen Bilimleri Enstitüsü’nden ise 5 (3’ü yüksek lisans 2′ si doktora) olmak üzere toplam 21 lisansüstü program, 322 öğrencisiyle birlikte Enstitü’ye devredilmiştir. Enstitümüzde 11 anabilim dalında 54 lisansüstü program, 1072 yüksek lisans ve doktora öğrencisiyle eğitim öğretim faaliyetlerine devam edilmektedir.